由于之前的计划实在太过细致，又是由东厂施行的，所以没什么可讲的，苗御鸿在宫中被擒，天极教群龙无首，所有大小头目及迷信教徒纷纷被捕，投入天牢，等候发落。
翌月，经过大战的京城实在是充满着凄凉。
而四位锦衣卫尤为使他们的同伴感到诧异，他们一起肩并肩地行路，目光阴沉，脑袋低垂。朱后山时而抬起他那宽阔的前额，双眸中闪灼着一束亮光，双唇上掠过一丝苦笑，随后，又和他的伙伴一样，不由自主地重又陷入沉思。
“进去坐坐？”走到一间僻静的酒楼前，熊广泰建议道。
四人进去，但他们既不点餐也不饮酒，仅仅围坐一桌，低声谈话。
这时，从皇城纵马飞驰而来的一个汉子也在酒店门前停蹄，以便喝上一杯，而他的目光则凝视着四名锦衣卫围坐的房间。“喂！那是季千户吧！”那汉子说，“我看到坐在里面的不是您吗？”
季桓之抬起头，看见了一个说陌生不算陌生，说熟悉也并不熟悉的人。
“阁下找我所为何事？”他一时脑袋卡壳，叫不上来人名字，所以只能用“阁下”来称呼。
“无意冒犯，季千户。本官奉皇帝之命逮捕您，我要奉劝您必须向我缴械投降，并且不得抗拒；不要拿脑袋开玩笑，我警告您。”
“逮捕我，皇帝之命？”季桓之一惊，他想不出哪里惹到皇帝了。而且，皇帝不是一直卧病在床、不省人事吗？季桓之心中存疑，问：“你说是皇帝之命，可有凭证？”
“早知道你会这么问，”对方掏出一卷纸高高举起：“圣上手谕：锦衣卫千户季桓之在外执行公务时，谋害同僚，特命指挥佥事陆轩亲自缉捕，押解进宫。”
季桓之登时呆若木鸡，一句完整话也说不出来了。
“季兄弟，这是怎么一回事啊？”熊广泰并不清楚第二次日本之行，在航船失事到后来再次碰见季桓之具体之间发生了什么。
而季桓之眼下唯一能做的，就是唯令是从。
“我们在崇北坊等着你。”朱后山的话给了季桓之站起来的勇气。
陆轩皱着眉头，停步片刻，然后，铐住季桓之，一言不发地继续趋步。他带着季桓之一路去往皇城，出世皇帝手谕通过门禁，正式进入了皇宫。
季桓之生平第一次有幸走入皇宫，顿时就被震撼到了。皇城气势雄伟、豪华壮丽，成祖爷何等气魄，竟将天宫搬到人间？
陆轩要带他去毓德宫，催促说：“季千户，走啊，皇帝要亲自审问你呢。”
“皇上审我，这似乎不合规矩吧？应该是让南镇抚司的人——”
“皇上的话就是规矩——”陆轩见他目睹皇宫重檐翠瓦，砌玉楼栏。眼中竟有星光闪烁，就忍不住取笑：“才看见眼面前这些就走不动道儿了？也对，寻常人哪能见一见皇宫啊。要不咱们就在这儿看个够，再去见皇上？”
“不必了、不必了，”季桓之惶恐道：“下官怎么敢让皇上等待？”
二人重新上路，去往毓德宫。陆轩在将季桓之带到宫门外后，就复命退下了。
季桓之独自一人站在宫门外，一时间手都不知道往哪儿放。还好有个宦官从里面出来，将他带了进去。
屋里有一道珠帘分为前后，季桓之就在珠帘前面跪下，听候发落。
而珠帘后的人听见镣铐声音，知道他要见的人来了，换个了坐姿，发出衣服摩擦的窸窣声。
季桓之察觉到珠帘后的人有了动静，就匍匐跪地，说：“罪臣季桓之，参见皇上。”
许久，珠帘后的人才说：“罪臣？你可知自己所犯何罪？”
季桓之当然清楚自己做过什么，于是他说：“臣不知。”
“大胆！”
珠帘被拨开一道缝隙，有两道目光投在了季桓之身上。这两道目光似乎有能量一样，令季桓之如芒在背。
万历皇帝朱翊钧的目光逼视着他。
“史世用他们人没有回京，但提报早已经回京了。”朱翊钧说，“你在日本的所作所为，以为朕不知道吗？”
“既然皇上知道了，”季桓之上半身挺立起来，不过仍旧低着头，不敢直视龙颜，道：“那就尽管处置吧。”
“放肆。”
“臣不敢。”
朱翊钧又盯了季桓之半晌，道：“你与倭人相交甚厚，史世用都在提报里告诉朕了。我要你亲口说说，为什么要杀害同僚？是不是与倭人勾结，被人识破，才杀人灭口？”
季桓之竖起右手，四指并拢：“臣对天发誓，绝没有勾结倭人图谋不轨！他们说臣与倭人相交甚厚，其实并不是倭人，而是嘉靖年间流落到日本的明人，名叫源胜卿。此人并不清楚大明已经解除海禁，所以不敢归国。因在日本久居，受倭人熏陶感染，所以会被误认为倭人。如果皇上不信，尽可派人去义乌调查，看看当年是否却有一个叫源胜卿的人偷渡出海。”
朱翊钧听完，将珠帘放下，像是思量了片刻，又道：“姑且算你所言不假。那你为何在大阪联合倭人官差杀害同僚？”
这个问题更好解释了，季桓之回答道：“臣等奉命去日本探听情报，途遇风暴，航船失事，这些想必史指挥在提报中均已说明。当时臣正是被那侨民源胜卿所救。而史指挥他们一众，因为不识日本地理，盘踞石山，落草为寇，为害乡间。想我大明礼仪之邦，靠仁德威服四夷，史世用等身为大明锦衣卫，竟然在异国为寇，残害他国百姓，岂不是玷污我大明国格、有侮国体？虽然是敌国，但我大明岂能做出此等不齿行为？当是时，臣尚不知山贼乃史指挥等人，因此才为正义，协助日本官差，要剿灭贼寇，故而才在激战中迫不得已误杀了一些同僚。如果说皇上要因此将臣定罪的话，那臣也无话可说。”
“无话可说？你说的就已经够多了。”朱翊钧冷笑一声：“区区五品千户，也敢这么和朕说话。难道你忘了，你这身皮是谁赏赐给你的了吗？”
“皇上天恩浩荡，臣断不敢忘。但面对污蔑诽谤，臣也必须要替自己辩驳，否则，也对不起皇上赐给我的这一身千户冠服，否则，它真的就只是一张畜生的皮罢了。”
朱翊钧龙颜大怒：“你竟敢这么跟朕说话！”
季桓之不卑不亢：“帝王如何与臣下说话，臣下就如何与帝王说话。孟子有云：‘君之视臣如手足，则臣视君如腹心；君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇。’”
“哈哈——”朱翊钧笑起来，也不是是乐笑还是苦笑：“就连一个锦衣卫千户，都满口圣人道德。朕可能看错你了。”
“皇上此话何意？”
“朕本以为你是个不畏强权，敢作敢为的可造之材，却没想到，也是个沽名钓誉的所谓清流罢了。不不——”朱翊钧又说：“你是敢作敢为，你竟然与朝臣密谋、与东厂勾连，你竟敢包庇窝藏叛国罪人沈阳侯、隐瞒女扮男装犯下欺君之罪的假总旗，你竟敢……竟敢擅自做下了朕一直想办却又一直没想好该怎么办的事，除却了镇抚司的内奸，剿灭了整个天极教。你真是胆大包天呐！”
皇上连说几个“竟敢”，季桓之脸上没有变化，心里早已起了万丈波澜，本来他都调整好情绪，打算壮烈地勇赴黄泉了，但直到最后“胆大包天”四个字听进耳朵，他才终于大大松了一口气。
沉默，毓德宫中一阵令人窒息的沉默。
朱翊钧一直在珠帘后沉思。最后，他终于吩咐人撤去珠帘，射出鹰隼般的目光盯着面前那张忠厚——个屁、豁朗——个屁、聪颖——聪颖的脸庞，在这张年轻但却有了沧桑的脸庞上，他读出了六年来他所忍受的全部痛苦，他三番五次地考虑到这位二十五岁的后生会有怎样的未来，他的活力，他的勇武以及他的睿智能够为他睿智的主人奉献怎样的才华。
皇帝命人搬来书案，案上放着文房四宝。他在已经写满三分之二的纸上又写了几行字，然后盖上自己的印。
“这就是对臣的判决吗？”季桓之说。
“拿着吧，季桓之，”皇帝对年轻人说，“这张委任状上缺姓名，你就自己填上吧。”
季桓之犹疑地接过公文，在上面瞅了一眼。
这是一份锦衣卫指挥同知的委任状。
季桓之再度匍匐在皇帝的脚下。
“皇上，”他说，“臣的性命是属于您的；从今以后任您支配；但是您给我的这份厚爱臣不配领受，臣的三位朋友，他们比我功劳大，他们比我更……”
“你配，季桓之，”皇帝微笑着说；他为战胜这个天生的叛逆而陶醉。“请将这份委任状按照你的意愿去处理吧。尽管姓名是空白的，但你要记住，朕只是给你的。”
“皇上天恩，臣永世不忘！”季桓之回答说。
“记住，”皇帝说，“记住你刚刚和朕说过的话，君之视臣如手足，则臣视君如腹心——”
“君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇。”季桓之接着道。
“记住你是怎么走到今天的。”
“勿忘初心。”皇帝最后告诫他。